Точная причина развития афтозной язвы неизвестна, однако этому способствуют многие факторы, например, определенные медикаменты, повреждения полости рта, плохое питание, стресс, бактерии или вирусы, недосыпание, резкое уменьшение веса, и некоторые продукты питания, например, картофель, цитрусовые фрукты, кофе, шоколад, сыр и орехи.